El mundo ha cambiado mucho desde que hace diez años un grupo numerosos de simios genéticamente evolucionados se escaparan de un laboratorio de San Francisco. Mientras los monos, dirigidos por el inteligente y pacífico César, han establecido una pujante colonia en un bosque cercano, un devastador virus atribuido a ellos ha diezmado la humanidad y ha provocado cruentas guerras, de modo que en San Francisco solo sobreviven unos pocos miles de personas en condiciones penosas.
Cierto día un grupo de humanos tiene un desafortunado encuentro casual con un grupo de simios; César intenta calmar a los simios, y Malcolm (Jason Clarke), a los humanos. Pero, dentro de cada comunidad, algunos alientan la desconfianza, y claman incluso por exterminar o al menos someter a la otra especie. La guerra parece inevitable.